伴随着魂导科技的进步，斗罗大陆上的人类征服了海洋，又发现了两片大陆。魂兽也随着人类魂师的猎杀走向消亡，沉睡无数年的魂兽之王在星斗大森林最后的净土苏醒，它要带领仅存的族人，向人类复仇！生活在斗罗大陆上的少年唐舞麟因为武魂是蓝银草，一直被嘲笑轻视。一次意外受伤中他发现：自己身体里面有一条由18道封印封禁的金龙，守护着自己的那缕神识告诉他，如果不逐步解开封印，自己将爆体而亡……
基因石被毁，不料基因石能量逸出，飘散到地球各处，引发了异常现象：森林树木变得更茂密，湖泊海洋闪发着光，电力强化导致设备爆炸。由于基因源事故，武装战士变成变形机甲、生物进化为虫族、浩肯星人异化为变异战士，故事从变形机甲、机甲兽和变异战士三方之间的斗争展开。
在万恶的魔界，恶魔阿萨谢尔（小野坂昌也 配音）与旧相识阿摩（玄田哲章 配音）聊天。对方拥有一颗传说中可带来不幸的玛丽•安托瓦内特的宝石，言语间透着骄傲和自豪，进而嘲笑被恶魔侦探芥边（浪川大辅 配音）百般嘲笑和支使的阿萨谢尔。就在此时，郁闷的阿萨谢尔被召唤到人间，召唤者正是芥边的助手佐隈玲子（佐藤利奈 配音）。为了熟悉召唤恶魔的技巧，她一次次练习，谁知这次出错竟然召唤来高傲邪恶的阿摩。虽然模样大变，但是阿摩不改狂野本性，对玲子展开百般欺凌…
“信号塔大战”后，熊大、熊二和光头强的缩小器再度遗失。三人组合继续留守不夜城，找寻缩小器的回家之路更是状况频出，但他们从未放弃希望，最终与小动物们合力拯救小镇，呈现了一场精彩惊险的微观世界冒险之旅。
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某天，城市的半空中突然出现了一道巨大的裂缝，随之而来的是机械怪兽袭击城市。想要成为英雄的热血少年乐天翔也在这次袭击中意外的与爆速机甲翎空成为搭档，并在二人共同努力下击败了敌人。此后，机械怪兽接二连三的袭击城市，乐天翔和翎空在与敌人对抗的过程中也相继与憨厚暖男石大刚、人小鬼大的司小速以及帅气优雅的端木海和他们的搭档们结识、成为队友。并且，大家也发现了这些袭击者的一些关联性，他们背后似乎有个更强大的操控者！就在众人准备展开深入调查时，乐天翔的班级来了一个神秘的同样拥有爆速机甲搭档的转校生方隼。自从方隼加入队伍后，敌方的机械怪兽似乎总能冲着大家的弱点来展开攻击，使得主角们好几次陷入决定。经过一番调查后才发现，方隼竟然是反派安插在众人身边的卧底！众人查出真相，替方隼解开心结，也从方隼处得知，反派背后的主谋——雷域天魔正在恢复自己的力量，并想要获得散落黑化核芯碎片复仇人类的目的！为了阻止雷域天魔的阴谋，众人在父亲们和爆速机甲师傅们的帮助下，兵分两路，踏上了收集黑化核芯碎片之旅。
节目选取全世界多个国家的“旅外”大熊猫，生动还原它们的海外生活经历，讲述中国与世界各国以熊猫为媒开展科研合作与情感交流的故事。
